MMseqs2 → UPF → HHsearch → AlphaFold → docking gate
从 260 条远缘序列
收敛到可检验的 family
237 个内部聚类 family，经 M65/M70/M75 × MAG 分布、可观测邻域与 profile evidence 筛至 16 个。阈值变化会即时重算筛选与三档功能归类。
Dataset view
M65、M70、M75 分开看或对比看
当前查看三组 combined。
Live thresholds
可调 family 与 profile evidence 边界
默认 profile 规则：P ≥95%、E ≤1×10⁻³、aligned ≥50、max(query/template coverage) ≥25%；CAZyme gate 另要求 dbCAN template coverage ≥35%。strict dbCAN HMM 命中始终保留。无显著 profile 命中不等于无功能。
UPF recurrence landscape
每个点为一个 family；点大小为长度，颜色为 live class。点击打开 family detail。
Live three-way outcome
仅统计进入 16-family profile shortlist 且通过当前筛选者。
Clustering sensitivity
身份/双向 coverage 越严格，family 数略增。
M65/M70/M75 × shortlisted family
对比视图显示三组独立矩阵；单组视图只突出当前组。
HHsearch evidence
dbCAN、Pfam-A 35.0、PDB70 的最佳 profile probability。
MAG recurrence
当前 family/sample 过滤后的候选序列计数。
Eight-field evidence
query、target 与六个数值字段单独显示
—
| Family | Query | Target | pident | alnlen | E-value | bits | qcov | tcov |
|---|
Selected family
UPF260_0002
—
Members and UniRef50 representative hits
每个 member 的八字段证据；空值代表无 retained hit。
| Query | Sample | MAG | Status | Target | pident | alnlen | E-value | bits | qcov | tcov |
|---|
Observable gene-neighborhood
只有 candidate background 中同 contig 的 ±5 gene identifiers；不是完整基因组邻域。
UPF260_0002 · structure gate
AlphaFold 支持 CE3 domain 折叠；docking 不支持直接进入 production MD
Interactive AlphaFold model
CE3 domain residues 350–597；按 pLDDT 着色，可旋转缩放。
Per-residue confidence
孤立 domain 与 full-length 模型对照。
Full-length N-terminal region 多数低置信；用于 docking 的仅为孤立 CE3 domain。
ACT 与 BOG 均未在 2 Å 内恢复模板 pose；BOG 还是晶体 pocket probe，并非已验证底物。
Production complex MD：暂停
开始 MD 前需要：确定合理的天然乙酰化 glycan、实验验证 Asp→Asn active-site variant 是否保留活性，并获得可复现 catalytic pose 或实验约束。
下载 MD gate JSONReproducible artifacts
静态站点 + SQLite 原始记录
所有图均来自冻结 TSV/JSON；数据库含 family、member、sample/MAG 分布、neighborhood、profile hits、AlphaFold 与 docking 表。